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智積院為真言宗智山派的總本山，位於京都市東山七條。 我們的宗團還有以成田山新勝寺、川崎大師平間寺、高尾山藥王院為首的大本山，以及位於東京都高幡山金剛寺、名古屋市大須觀音寶山院的特別本山，在全國擁有 3000 餘所的寺院教會。因此總本山智積院也是由全國約 30 萬名以上的信眾功德主護持之下的總菩提所及總祈願所。
弘法大師
興教大師
玄宥僧正
運敝僧正
鎌倉時代中期，出現了位賴瑜僧正，將大傳法院由高野山遷至根來山。從此，根來山在教法上極為繁榮，其最盛時期擁有 2900 間坊舍、及約 6000 多名的學僧。而智積院則是當時所建造的許多塔頭寺院中的學頭寺院。於是在達到擁有龐大勢力的同時，也與豐臣秀吉演變成對立，天正 13 年(1585)，由於秀吉的軍勢，根來山內的堂塔幾乎成了灰燼。此時的智積院住持玄宥僧正，越過險關逃到了高野山，並在耐心隱晦之下，於豐臣秀吉亡故後的慶長 3 年(1598)，重新於京都東山邁開了智積院再興的第一步
「拾遺都名所圖會」中智積院的模樣
慶長 6 年(1601)，更在德川家康公的恩賜下，玄宥僧正獲得了東山豐國神社境內的坊舍及土地，才能名符其實的讓智積院重新站起來。之後，又因獲賜接收了秀吉為夭折的棄丸(秀吉之子)所建的祭祀家廟祥雲禪寺，在此境內更擴建了伽藍。重新復興起來的智積院，正式名稱為 「五百佛山根來寺智積院」。
如此，智積院除做為自弘法大師以來，脈脈相傳的正統真言教法學風的寺院外，更是江戶時代前期，由於運敞僧正在全力宏揚宗學之下，確立了智山教學。因此智積院也吸引了大量的學僧，進而培養出許多被稱為智山學山的學僧。
*1)在根來山學習的僧侶寮房
*2)教授僧侶學問的最高指導者(如今日的校長)
智積院學寮伽藍界圖(明治 3 年)
立於總門前的總本山智積積院石柱
因受到幕府至明治維新時期廢佛毀釋(明治初期的排佛運動)的波及，迎來了一段困頓的時期。 明治 2 年(1869)，原本鑽研教法的根本道場勸學院，成了土佐藩的陣所並引發暴動，於明治 15 年(1882)一山之象徵金堂被燒毀了。
在經歷了這些困難的時代，終於在明治 33 年(1900)，結集了以智積院為首的全國約 3000 個寺院，決議以智積院為總本山。
渡過戰後的社會動盪後，慢慢地重獲擴充及整頓。昭和 41 年(1966)，因獲得智山派全信眾功德主的淨財供養，建造了住宿設施智積院會館。
昭和 50 年(1975)，做為宗祖弘法大師誕生 1200 年的紀念事業，建設了新金堂，造塑了本尊大日如來的尊像，完成了自燒毀以來宗團的悲願。更於平成 7 年(1995)，做為興教大師 850 年御遠忌紀念事業，重建了講堂(方丈殿)。
如此承繼傳統的智積院，現今已成為凝聚真言宗教法、不論男女老幼的信仰中心，每日參拜者絡繹不絕。
註：本篇文章除上方空海大師畫像及唐密在中國歷史外，其餘圖文引用自日本總本山智積院日文官網，並由奧明院中文翻譯。
